Особое внимание при реализации проекта уделяется функциональности и безопасности образовательной среды. Пространства в школах организованы с учётом возрастных особенностей учащихся: предусмотрены отдельные блоки для начальных и старших классов. Повышенные меры безопасности обеспечиваются за счёт внедрения современных технических решений. Школы оборудуются с учётом потребностей детей с особыми образовательными нуждами.
Новые школы, построенные по модели «Комфортной школы», на 15–20% превышают типовые по площади. Это позволяет увеличить количество учебных кабинетов и зон для отдыха. Организации образования оснащаются современными кабинетами физики, химии, биологии, лабораториями, компьютерными классами, STEM-лабораториями и кабинетами робототехники. Учащимся предоставляются мобильные парты-трансформеры и индивидуальные шкафчики, на этажах установлены питьевые фонтанчики в соответствии с санитарными нормами. Для развития творческого потенциала и профессиональных навыков предусмотрены универсальные мастерские, студии и кабинеты начального профессионального обучения с полным оснащением.
Инфраструктура школ также включает столовые с двумя входами и разделёнными зонами для младших и старших классов. Медицинские кабинеты состоят из нескольких помещений: кабинета врача или медицинского работника, изолятора и процедурной.
